Organizațiile membre FOND colaborează, în mod tradițional, încă de la înființarea federației, în cadrul unor grupuri tematice de lucru a căror coordonare este asumată de către una dintre organizațiile membre cu experiență în domeniu. În cadrul grupurilor se decid acțiuni punctuale cu privire atât la strategia federației cât și la acțiuni determinate de contextul european, regional sau mondial. În prezent, în contextul crizei umanitare determinate de izbucnirea războiului din Ucraina, s-a reactualizat GLAU (grupul de lucru pentru asistență umanitară), sub coordonarea Confederației Caritas România. În contextul noii strategii a federației, se creionează un alt grup de lucru vizând acțiunile de Advocacy însă demersurile sunt în etapă incipientă.